В Kohana я делаю всю свою работу с БД в своих моделях. Вы можете получить объект БД в модели, просто набрав
$this->db
То же самое относится ко многим другим объектам, например $this->uri
. Моя реализация шаблона MVC означает, что вся моя работа с БД выполняется в моих моделях, я не уверен, что это лучший способ сделать это, но он работает для меня.
Что касается сессий, вы всегда можете использовать статические методы, чтобы получить синглтон, такой как
$mySession = Session::instance();
Я почти уверен, что все / большинство помощников / библиотек имеют одинаковый способ их использования - инициируйте их из $ this или используйте статический метод.