Configure часто проверяет, может ли компилятор выполнять определенные задачи, и создает исполняемые файлы для этих тестов.Если вы выполняете кросс-компиляцию с использованием цепочки инструментов NDK, создаваемые им исполняемые файлы не будут выполняться в среде хоста, что вызывает ошибку.
Возможно, есть более красноречивое решение, но в прошлом я закомментировалтесты в файле конфигурации, позволившие продолжить конфигурирование для создания файлов make.