В JasperReports вы можете использовать как собственные JDBC-запросы, так и EJBQL-запросы.
При использовании последнего ваш код должен выглядеть следующим образом (из JRJpaQueryExecuter api):
Map parameters = new HashMap();
EntityManager em = emf.createEntityManager();
parameters.put(JRJpaQueryExecuterFactory.PARAMETER_JPA_ENTITY_MANAGER, em);
JasperRunManager.runReportToPdfFile(fileName, parameters);
Если вам действительно необходимо нижележащее соединение jdbc, способ его достижения зависит от используемой реализации JPA.
EclipseLink (JPA 2.0):
entityManager.getTransaction().begin();
java.sql.Connection connection = entityManager.unwrap(java.sql.Connection.class);
...
entityManager.getTransaction().commit();
(Вам не нужно начинать и фиксировать транзакции для отчетов)