Ваши операторы if требуют логического выражения для оценки их потока. Флажки также получают логическое значение.
Я думаю, вы могли бы просто сделать:
cb1.Checked = Trim(DataTable.Rows(0).Item("COLUMN1").ToString()) == "Y"
cb2.Checked = Trim(DataTable.Rows(0).Item("COLUMN2_FLAG").ToString()) == "Y"
cb3.Checked = Trim(DataTable.Rows(0).Item("COLUMN3_FLAG").ToString()) == "Y"
Я работаю с C #, а не с vb, извините, если синтаксис неверен. Но в основном, если булево выражение оценивается как true, оно установит флажок check = true, а если оно оценивает false, оно установит его в false.