Ну, у вас всегда есть доступ к байтам, которые составляют класс (через getResourceAsStream), и поэтому, если вам действительно нужно, вы можете получить байты на клиенте, отправить их на сервер и сравнить.
Не знаю, зачем вам нужно идти в такой степени, обычно все, что вас волнует, это форматы сериализации, которые проверяются значением serialVersionUID в сериализуемом классе.