Как насчет этого?
@echo off
setlocal enabledelayedexpansion
set var1="http://www.domain.com/dir1/dir2/dir3/dir4/dir5/file.txt"
set var2=%var1%
:loop
if "!var2:~-2,1!"=="/" goto endloop
set var2="%var2:~1,-2%"
goto loop
:endloop
echo.%var2%
Удаляет символы с конца пути до достижения /
.