Вы не можете вставлять mongodb в процесс Java. Это отдельный процесс.
Вы можете запускать и останавливать его, когда ваша программа запускается / останавливается, вызывая процесс. Обычно это не рекомендуется, так как mongodb предназначен для работы в качестве фонового сервера; если вы сделаете это, то, вероятно, лучше выбрать случайный порт, чтобы запустить его, чтобы он не влиял на другие экземпляры mongodb. Вам также необходимо убедиться, что вы включили правильные двоичные файлы для платформы, на которой развернуто ваше Java-приложение, так как для этого требуется больше, чем JVM.