IDEA из Intellij 8.x имеет синтаксический анализатор SQL, который может распознавать такие вещи (он подключается к источнику данных, который может читать вашу базу данных, и понимает, что стандартные вызовы JDBC внутри кода Java содержат SQL внутри своих строк и выполняет подсветку синтаксиса SQL .
Существует как минимум один такой плагин для Eclipse (очень альфа), но я не знаю ни одного, кто бы даже пытался сделать подсветку внутри java-файла так, как это делает IDEA.
На практике, однако, если вы не выполняете прямого взаимодействия с JDBC, SQL внутри java-кода имеет ограниченное использование, поскольку между ними часто существует какой-то класс, и тогда IDEA считает его простой строкой.