1.) Вы можете сделать резервную копию данных файлового потока, используя обычный SQL Backup & Процесс восстановления. См. эту статью для справки. Вы также можете явно исключить данные файлового потока из своей резервной копии.
2.) Вы можете сделать отдельную резервную копию каталога filestream, но вам это не нужно. Это имеет смысл только для экземпляра БД SQL Server, который его создал.