Вы не сможете манипулировать локальными файлами с помощью Silverlight без компонента на стороне клиента. Этот клиентский компонент должен предоставлять API веб-службы и вести себя как локальный веб-сервер. С этим подходом вы можете делать практически все, что может делать обычное приложение WPF.