функция CFAbsoluteTimeGetCurrent();
или CFDateGetTimeIntervalSinceDate(CFDateRef theDate, CFDateRef otherDate);
или CFDateGetAbsoluteTime(CFDateRef theDate);
ОБНОВЛЕНИЕ : здесь автоматически округляется ваше значение
NSDate *date = [dateFormat dateFromString:@"2012-02-07 14:09:46.109950"];
NSLog(@"%@", [dateFormat stringFromDate:date]);
результат:
2012-02-07 14:09:46.110000