В диалоге открытия файлов GTK, скорее всего, указаны все файлы в каталоге. Это эквивалент ls -l для каталога, и он должен работать медленно. Вывод ls | cat (что значительно быстрее) может оказаться недостаточным, поскольку он не может отличить файлы от каталогов.
Я бы посоветовал измерить ls | cat, ls -l и диалог открытия файла GTK. Если диалог открытия файла GTK намного медленнее, чем ls -l, то с GTK что-то не так (не NFS). Я запускаю приложение GTK через strace и вижу, что медленно. Если диалог открытия файла GTK имеет примерно ту же скорость, что и ls -l, я не думаю, что его можно сделать быстрее - возможно, можно настроить флаги монтирования NFS, обновить клиенты и серверы NFS или можно переключиться на более быстрая инфраструктура, такая как Samba.