PRISM имеет два типа DI-контейнера, Unity и MEF. Auto fac предоставляет только контейнер (насколько я вижу), в то время как MEF / Unity предоставляет несколько других вещей, включая шаблон проектирования mvvm.
Чтобы ответить на ваш вопрос, Да, вы можете использовать AutoFac в качестве DI-контейнера с PRISM, но тогда вам не хватает возможностей загрузки модулей и многих других вещей, которые PRISM предоставляет с MEF / Unity Container.
Редактировать: просто быстрое примечание, MEF не настоящий DI-контейнер. «вы используете MEF для реального управления набором неизвестных вещей, вы используете IoC Containers для управления набором известных вещей». - Гленн Блок