У меня только что была такая же проблема в NetBeans 7.2.1 сегодня. Я мог бы хорошо построить проект, но получил маркеры ошибок в исходных файлах и в списках дерева проектов. Кажется, что компилятор при сборке проекта использует путь к классу, отличный от компилятора, который работает в окне редактирования.
В моем случае я обнаружил, что у нас были одинаковые имена пакетов и классов для разных классов в разных банках. Я не знаю, уместно ли это или просто красная сельдь.
У меня все еще была ошибка в одном проекте, который использовал эти две банки. Казалось, что он может видеть только классы из второго jar, перечисленные в файле pom.xml (мы используем Maven). Я закомментировал вторую банку и восстановил, затем раскомментировал вторую банку и восстановил, и все мои ошибки внезапно исчезли.
Так что у меня нет определенного решения, но удаление и повторное введение зависимости сработало для меня.