Да, это может быть безопасно, хотя я бы не использовал корневой каталог веб-сервера.
Обычно веб-сервер настроен для работы в качестве своего собственного пользователя (например, tomcat в Linux запускается как пользователь tomcat). Поэтому, если файл может быть прочитан только tomcat, доступ к нему может получить только веб-сервер.
Вы можете использовать Context.xml в каталоге conf tomcat, чтобы либо напрямую внедрить настройки в контекст приложения, либо добавить туда свойство, указывающее на местоположение файла. Таким образом, местоположение не нужно фиксировать.