Это не работает, потому что вы пытаетесь получить доступ к storeCheck по его идентификатору, а storeCheck существует только в контексте ретранслятора.
Вместо этого вам следует использовать класс.Поэтому измените:
$('#<%= storeCheck.ClientID %>').each(function() {
на
$('.storeCheckBox').each(function() {
Вы также можете изменить свой код на этот, который просто проверяет наличие каких-либо отмеченных флажков с классом storeCheck:
$('#<%= uploadBtn.ClientID %>').click(function() {
if($('span.storeCheck input:checked').length == 0) {
alert("Upload is only possible if a store has been chosen from list.");
return false;
}
});
Изменен код, так как кажется, что asp.net ставит флажок внутри диапазона с указанным вами классом, а не применяет его прямо к флажку.
jsfiddle - http://jsfiddle.net/infernalbadger/rAVLA/1/