Почти наверняка будет проще использовать суррогатный автоинкрементный идентификатор Rails в качестве основного идентификатора.
Нет проблем с наличием второго уникального столбца facebook_id и выполнением всех ваших поисков на основе этого поля, но по причинам совместимости, о которых вы упомянули (т.е. авторы плагинов делают предположения, что не должны), я бы придерживался значений по умолчанию Rails так же, как разумный. Проблемы производительности, связанные с первичными ключами по сравнению с уникальными ключами, минимальны