Прежде всего, чтобы иметь возможность создавать, читать или удалять файлы и папки, пользователь, который запускает процесс PHP, должен иметь на это разрешение.
Я рекомендую вам прочитать и понять концепцию ACL - Список контроля доступа .
У DOS был простой и опасный набор разрешений, и это главная причина, по которой существуют антивирусы: было слишком легко испортить системы, основанные на DOS, вам не понадобится даже вирус, со временем и работа системы будет повреждена потому что действия любой программы могут поставить под угрозу важные части системы.
В зависимости от ОС схема разрешений может быть разной, но давайте поговорим о Unix-подобных простых разрешениях. Windows NT (любая версия после Windows XP) также реализует списки ACL.
Когда вы видите 666, 777, 755, 644, это означает:
0 --- no permission
1 --x execute
2 -w- write
3 -wx write and execute
4 r-- read
5 r-x read and execute
6 rw- read and write
7 rwx read, write and execute
И это набор для: UGO = Пользователь, Группа, Другое, поэтому 644 = Чтение и запись пользователя, Чтение группы, Чтение другого.
Таким образом, пользователи могут принадлежать к группам, а файлы и папки являются свойствами пользователей и групп.
Также теперь вы можете представить себе концепцию суперпользователя, который может делать все, что угодно, мы можем это «пользователь root» в Unix и «администратор» в системах Windows Liek.
Википедия прямолинейна, поэтому я рекомендую прочитать Понимание разрешений
Хорошая учеба!