Попробуйте добавить "// TRANSLIT" или "// IGNORE" в конец строки набора символов назначения. Обратите внимание, что это поддерживается только в библиотеке GNU C.
С iconv_open (3) :
//TRANSLIT
When the string "//TRANSLIT" is appended to tocode, translitera‐
tion is activated. This means that when a character cannot be
represented in the target character set, it can be approximated
through one or several similarly looking characters.
//IGNORE
When the string "//IGNORE" is appended to tocode, characters
that cannot be represented in the target character set will be
silently discarded.
Альтернативно, вручную пропустите символ и вставьте подстановку в вывод, когда вы получите -EILSEQ от iconv (3) .