Я понял, в чем проблема. Проблема заключалась в том, что я устанавливал выходной файл в xmltask и атрибут файла в узле вставки. Атрибут файла в узле вставки - это тот случай, когда вы хотите вставить весь XML-файл в атрибут назначения xmltask.
Не проверенный код, но что-то вроде этого должно теперь работать:
<target name="paste-xml" depends="define-tasks,copy">
<xmltask source="input.xml" dest="output.xml">
<insert path="/foo/bar/tests/test[last()]" buffer="storedXml"/>
</xmltask>
</target>
<target name="insert-xml" depends="define-tasks">
<xmltask source="input.xml" dest="output.xml">
<insert path="/foo/bar/tests/test[last()]">
<![CDATA[
<test id="3"/>
]]>
</insert>
</xmltask>
</target>