64 бит может или не может дать различия в производительности. 64-разрядное приложение также может использовать (в некотором роде) больше памяти, чем 32-разрядное приложение.
Если вы запускаете AnyCpu exe на 64-битной ОС, он должен запускаться на 64-битной (см. В диспетчере задач, к 32-битным процессам добавляется * 32). Если вы установите приложение на x64, библиотека должна быть x64 или AnyCpu.
Если у вас нет собственных ссылок только для x64, вы можете оставить свои exe и dll как AnyCpu, но вам нужно будет изменить настройки на x64.
Что касается инфраструктуры, на компьютере с архитектурой x64 (который в любом случае будет запускать приложение x64) платформа всегда включает как 32-разрядные, так и 64-разрядные версии, которые находятся в C: \ Windows \ Microsoft.NET \ Framework и Framework64. соответственно.