Центр тепловых карт.2 в R

Question

Я использовал следующий код, чтобы сгенерировать тепловую карту, используя heatmap.2 of R. key = "F" избавляет от цветовой клавиши вверху.Однако график не масштабируется, оставляя пустое место на месте, ранее занимаемом цветовой клавишей.Как мне перецентрировать сюжет, избавившись от пустого пространства вверху?

dImp_heatmap <- heatmap.2(dSet_matrix, Rowv=NA, Colv=NA, col = cm.colors(20), dendrogram="none",trace="none", key="F",margins=c(1,8),colsep=c(1:6),rowsep=(1:62),sepwidth=c(0.05,0.05), sepcolor="white", cellnote=round(dSet_matrix,digits=2),notecol="black",notecex=0.7,scale="column")

Answer 1

Если вы внимательно прочитаете документацию для ?heatplot.2, в нижней части списка аргументов вы увидите следующее:

lmat, lhei, lwid визуальный макет: матрица позиций, столбецвысота, ширина столбца.Подробности см. Ниже

А подробности:

Этот макет можно переопределить, указав соответствующие значения для lmat, lwid и lhei.lmat контролирует относительную позицию каждого элемента, в то время как lwid контролирует ширину столбца, а lhei контролирует высоту строки.См. Страницу справки для макета для деталей о том, как использовать эти аргументы.

Так, например:

data(mtcars)
 x  <- as.matrix(mtcars)
 rc <- rainbow(nrow(x), start=0, end=.3)
 cc <- rainbow(ncol(x), start=0, end=.3)

 ##
 ## demonstrate the effect of row and column dendrogram options
 ##
 gplots:::heatmap.2(x,key = FALSE,dendrogram = "row",lhei = c(0.05,0.95))

и я представляюнастройка lwid будет вести себя аналогично.Хотя я должен добавить, что если вы включите обе дендрограммы, то пространство в верхнем левом углу необходимо, чтобы освободить место для дендрограмм.