Добавьте copy.rst в отдельное дерево с параметром :hidden:
:
.. toctree::
doc1.rst
doc2.rst
.. toctree::
:hidden:
copy.rst
Вы также ничего не можете сделать (просто сохраните copy.rst с другими файлами .rst) и просто проигнорируете сообщение «copy.rst :: WARNING: документ не включен ни в одно дерево».