Вы можете получить доступ к ресурсам в classpath, но API сервлета не гарантирует их физического представления. Другими словами, если вы развернете файл WAR, контейнер может взорвать файл WAR или оставить его как есть, или сделать что-то совершенно другое в зависимости от его потребностей.
В данном конкретном контексте это означает, что вы вводите тонкую зависимость контейнера, предполагая, что веб-приложение развернуто в папке, с которой вам следует быть очень осторожным.
Однако, если все, что вам нужно, это получить некоторые элементы, которые есть у вас в classpath, вы должны взглянуть на этот вопрос: Получение входного потока из ресурса classpath (файл XML)