Вы находитесь в домене Active Directory, но не подключены к нему сразу?
Хотя у меня нет «ответа» о том, почему MinGW будет медленным, я знаю, что компьютеры, принадлежащие домену AD, но не имеющие доступа к контроллеру AD, имеют задержку запуска исполняемых файлов (например, rxvt.exe), а запущенные в настоящий момент испытывают паузу или заикание (например, emacs, созданный с использованием MinGW).
Я все еще расследую, чтобы определить действительную причину этого поведения, но подумал, что упомяну это в случае, если оно относится к вам.