Я обнаружил, что Eclipse не работает с JVM, поставляемой с Ubuntu. Попробуйте загрузить Sun JVM и измените eclipse на запуск с флагом -vm, указав путь к Sun JVM.
EDIT:
Извините, теперь я вижу, что у вас есть Sun JVM, вам нужно запустить Eclipse с установленным флагом -vm.