Нет, в Visual Studio нет способа создать карту ввода с несколькими схемами для BizTalk 2006, 2009 или 2013 (спасибо за разъяснение @Krishan) без прохождения маршрута формы Orchestration / Transform. Единственный другой вариант - написать карту вручную в текстовом редакторе или из шаблона.
Имейте в виду, что с помощью решения Orchestration / Transform вы можете выбросить Orchestration, как только использовали его для создания карты.