Я бы предположил, что если ваши преобразования просты; то есть, если они могут быть легко закодированы в паре операторов SELECT, то лучшим вариантом будет простая хранимая процедура с некоторыми операторами SELECT INTO. Очень эффективный и требует меньше движущихся частей.
С другой стороны, если ваша логика преобразования очень сложна и / или изменчива, рассмотрите SSIS. Он существует, чтобы позволить вам моделировать и поддерживать сложные, многошаговые преобразования.
Удачи!