Вы можете создать папки в своей файловой системе, а после этого вы можете изменить файл .classpath в корне проекта, рядом с pom.xml
Просто добавьте что-то вроде:
<classpathentry excluding="**" kind="src" output="target/classes" path="src/main/resources">
<attributes>
<attribute name="maven.pomderived" value="true"/>
</attributes>
</classpathentry>
После создания папок и обновления .classpath вам нужно только обновить (F5) в Eclipse.
PS: я не знаю, зависит ли это от вашей maven-версии, проверьте, похожа ли она на другую вашу "classpathentry", которая у вас есть.