Насколько я знаю, в PHP нет такой настройки.В чем может быть проблема - временная потеря соединения.
Что касается 3 часов ... Может ли быть, что ваш процесс создает небольшую утечку памяти, которая заставляет сервер прерывать процесс примерно каждые 3 часа?В прошлом это случалось со мной.
Что касается комментария @ Salman, то разница состоит в том, что в командной строке не включены различные директивы по умолчанию, самое важное - set_time_limit (0).Это означает, что сценарии командной строки могут выполняться неопределенно по умолчанию.
Есть ли еще какие-то детали для работы?