Он никогда не будет абсолютно безопасным, особенно если учесть физический доступ к машинам, но вы можете усложнить это.
Используйте 3DES для шифрования полей базы данных, которые вы хотите защитить. Обратите внимание, что вам не нужно шифровать каждое поле, и вы не должны. (как для скорости, так и потому, что если вы потеряете ключ, вы по крайней мере поймете, что вам нужно сделать)
Не храните ключ на сервере базы данных. Если необходимо, сохраните его на другом диске, чем база данных или веб-приложение.
Храните резервную копию ключа на флэш-накопителе или чем-то еще. Не пропустите этот шаг.
Разделите файл ключа на несколько разных файлов, разбросанных по разным папкам и разным дискам. Не используйте имена, которые указывают назначение файлов. Храните места в реестре.
Используйте код для чтения реестра, получения фрагментов ключа и их сборки. Напишите этот код самостоятельно и не используйте имя, которое указывает на цель программы.