Быстрый Google (иронично, а?) Показывает, что, хотя по этому вопросу нет официального слова, общее мнение (через неподтвержденные и экспериментальные данные) состоит в том, что Google будет обрабатывать все, включая контент в тегах комментариев. Это означает, что он действительно будет индексировать ваши ссылки, даже если они находятся в тегах комментариев. Однако он не использует контент в качестве источника для поиска по ключевым словам, то есть что-либо в HTML-комментарии не считается частью видимого контента вашей страницы и поэтому не может использоваться как часть критериев поиска.
HTML-комментарии предназначены для простого указания понятной человеку информации о том, что делает ваш макет, например, для обозначения того, где начинается конкретное включение на странице, выводимой сценарием PHP. Вы не должны использовать комментарии HTML для удаления больших кусков кода на вашем сайте. Я предлагаю вам удалить контент.
Если вы не хотите, чтобы Google переходил по ссылке, вы можете добавить rel="nofollow" к вашей гиперссылке. Вы также можете использовать файл robots.txt для указания каталогов или подстановочных знаков URL, которые Google не должен индексировать.
Рекомендации:
http://en.wikipedia.org/wiki/Nofollow
http://en.wikipedia.org/wiki/Robots.txt
http://www.webmasterworld.com/forum3/4270.htm
http://www.codingforums.com/archive/index.php/t-71686.html