Вам нужно будет зайти в основной код, найти, где это, изменить это и перекомпилировать Nginx.
Не стоит больших усилий.
Существует директива токенов сервера, которая будетскрыть номер версииhttp://wiki.nginx.org/HttpCoreModule#server_tokens.
На самом деле не слишком много пользы с точки зрения безопасности, но, по крайней мере, не так уж много проблем для достижения.