Полагаю, вам нужно сделать следующее:
- Создать новую структуру таблицы с нужной вам архитектурой
- Считать каждую строку из старой структуры и перенести еев новую структуру, изменяя ее по мере продвижения (отбрасывая / иным образом изменяя данные)
- Если пространство имеет значение, даже временно, удалите данные из старой таблицы по мере того, как вы идете
Подходит ли описанное выше, зависит от деталей.
Это было бы проще с базой данных SQL, использующей синтаксис ALTER TABLE, но я ожидаю, что есть причины для ваших проектных решений (вероятно, основанных на производительности).