Рабочая копия Subversion работает очень плохо, когда существует огромное количество каталогов, как в вашем случае. Для операций записи (даже только локально) в рабочую копию, рабочая копия должна быть заблокирована, что означает, что файл блокировки создается в каждом каталоге (это создает файл 11k), затем выполняется действие, и эти файлы 11k снова удален.
Subversion 1.7 перемещается в другой формат рабочей копии, что должно решить эти проблемы. До этого есть несколько хитростей, которые вы могли бы попытаться ускорить, например, исключив рабочую копию из вашего антивирусного сканера, отключив файловые мониторы в каталоге (например, TortoiseSvnCache), и пытаясь уменьшить общее количество каталогов. (Возможно, проверив несколько отдельных рабочих копий)