Без опыта работы с SQL Sever 2008 я бы сказал, нет. Ссылаясь на документацию mysql, хранимая процедура описывается как:
Хранимая подпрограмма представляет собой набор SQL
заявления, которые могут быть сохранены в
сервер.
Идея состоит в том, чтобы хранить запросы SQL на вашем сервере SQL.
Вы должны перейти на другой путь. Получите доступ к вашему SQL-серверу из MATLAB, в конечном итоге вызывая хранимые процедуры. Все, что вам нужно, это драйвер jdbc, использующий возможности сценариев Java MATLAB.