Если вы используете IIS, то управление потоками регулируется IIS.В зависимости от того, какая версия IIS (и является ли интегрированный конвейер или классический режим), вы получаете различные варианты многопоточности.
Многопоточность в IIS очень сложна, но ее лучше объяснить в здесь .Наличие 1000 потоков само по себе не является проблемой - IIS очень хорошо оптимизирует его для вас.Так что ничего плохого в 1000 потоках IIS на правильном сервере.
При таком количестве одновременных пользователей вам, вероятно, потребуется ферма серверов (2-3 сервера) с балансировщиком нагрузки.При этом 1000 одновременных запросов - это максимум того, что может обрабатывать обычный IIS.Если у вас есть мощный сервер, этого должно быть достаточно.