Чтобы ответить на первую часть вашего вопроса, я бы сказал, что решать вам. Если между веб-службой и iPhone требуется много обработки, то, возможно, у вас должен быть собственный сервер, выполняющий эту обработку, прежде чем отправлять его на iPhone. Однако, если вам просто нужны данные из веб-службы как есть на iPhone, просто используйте их напрямую.
Что касается различных форматов, то для iPhone меньший размер всегда лучше, когда речь идет о сетевом трафике. Обязательно используйте REST, чтобы минимизировать данные, которые необходимо передавать с iPhone. Что касается JSON против XML, очевидно, что JSON более легкий, что делает его лучшим кандидатом на iPhone в целом, но если ваши данные требуют более сложного представления, чем может предложить JSON, тогда используйте XML. Не делайте SOAP, если вы вообще можете этого избежать. Он просто слишком тяжелый и разряжает батарею iPhone намного быстрее при большом количестве запросов.
Если вам интересно узнать об архитектуре и деталях реализации приложения для iPhone на основе данных, ознакомьтесь со всеми документами и руководствами Apple по основным данным на iPhone.