Я бы использовал @namespace для "строк"
методы будут просто использовать @function (хотя для jsdoc очевидно, что они являются
Редактировать
В вашем конкретном примере вы можете использовать что-то вроде:
/**
describe purpose
*/
String.prototype.stripHTML = function()
{
//does something with this
}
/**
describe purpose
*/
String.prototype.validHTML = function()
{
//does something else with this
}
затем используется так:
var str = "bob<br/>";
str = str.stripHTML();