Если вы говорите о функции VSS, состоящей в том, что один файл используется в нескольких папках, взгляните на этот другой вопрос : он получил довольно много отзывов.
Краткий ответ: либо старайтесь избегать общих файлов (сложно поддерживать и документировать, особенно когда вы переходите), либо используйте свойство svn:externals.