У вас есть контроль над содержимым PDF? Если вы это сделаете, я полагаю, вы можете добавить какой-нибудь скрипт, чтобы позаботиться об изменениях навигации в документе PDF.
Однако, если вы просто подаете документ PDF (например, вы не можете / не изменили содержимое PDF, чтобы обеспечить хук), то я думаю, что вы застряли, так как браузер не будет знать, что пользователь делает в Файл PDF.
Предполагая, что у вас есть доступ к содержимому PDF и вы можете внедрить в него скрипты, вы можете использовать API здесь: http://wwwimages.adobe.com/www.adobe.com/content/dam/Adobe/en/devnet/acrobat/pdfs/js_api_reference.pdf для захвата таких событий, как Init, Bookmark, Mouseup, Mousedown, Focus, Blur, Keystroke, и т.д.