Краткий ответ: нет. Если эти инструменты должны запускаться в корневом каталоге проекта, то именно здесь они должны запускаться, а если они портят гнездо, то именно это они и делают.
Более длинный ответ: возможно. Если они действительно должны работать в корневом каталоге проекта, то пусть так и будет, но может быть способ автоматически очистить их эффлювию. Вы заранее не знаете имен нежелательных файлов и каталогов, но если вам известны имена требуемых файлов и каталогов, вы можете внести их в белый список и удалить все остальное.
В качестве альтернативы, в зависимости от специфики вашего проекта и ОС, вы можете создать временный каталог с символическими ссылками на файлы в корневом каталоге проекта; для стороннего инструмента это будет выглядеть так же, как настоящий корневой каталог, но когда работа будет завершена, вы сможете выбрать хорошие файлы и удалить остальные, как с обычным временным каталогом. Это будет хорошо работать, если инструмент не пытается создавать файлы в существующих подкаталогах - другими словами, он, вероятно, будет работать, но без обещаний.