Чтобы избавиться от окна DOS, используйте mcc -e вместо mcc -m. См. «Компилятор MATLAB> Справочник по функциям» в онлайн-документации, созданной по doc(). Возможно, вы не захотите этого делать: окно DOS является последним средством; именно туда идут необработанные исключения, дампы ядра и другие диагностические данные. По крайней мере, сделайте это опцией, чтобы иметь возможность отладочной сборки с окном DOS.
По моему опыту, издержки запуска для скомпилированной автономной программы Matlab происходят до того, как управление переходит к пользовательскому M-коду, поэтому заставку нужно будет сделать во внешней программе или подключить к оболочке C, которая mcc генерирует. Вы могли бы использовать предложение Майкла Джей о написании пусковой установки. Вы не ищете matlab.exe или окно рабочего стола Matlab, так как это отдельное приложение. Чтобы определить, когда была запущена программа Matlab, попросите ваш М-код записать небольшой временный файл, как это делает программа в первую очередь, и попросите его запустить его.