Если вы не написали код для этого, Fiddler обычно не изменяет отправленные вами HTTP-запросы. Вы можете использовать низкоуровневый инструмент, такой как NetMon, для захвата фактического запроса с и без Fiddler.
Единственное исключение, которое может иметь смысл, - это то, что некоторые серверы выдают ошибку, если они получают полный путь в строке запроса. Э.Г.
GET http://www.example.com/ HTTP/1.1
Host: www.example.com
выдает ошибку, а
GET / HTTP/1.1
Host: www.example.com
нет. Разница в том, что первый предназначен для отправки на прокси-сервер, а второй - только на исходный сервер. Серверы должны принимать первые, если они его получают, но некоторые глючат и не делают этого. Fiddler «исправит» эту проблему, потому что она преобразует первое в последнее в соответствии с правилами для прокси.
Сказав это, я понятия не имею, как ваш код мог сгенерировать первый, поскольку обычно System.NET позаботится о форматировании ваших запросов для вас.