Вы используете suPHP в качестве обработчика PHP? Если это так, и все ваши файлы установлены на исполняемые, это может вызвать вашу проблему.
В соответствии с suPHP у вас должны быть строгие и безопасные права доступа к файлам (644 для файлов, 755 для каталогов), иначе ваш сайт не будет работать так, как вы этого хотите. Использование suPHP также запускает php от имени пользователя домена, а не от имени пользователя, что является еще одним преимуществом безопасности.