В исходном корне у вас есть файлы configure.ac и Makefile.am со всеми параметрами компилятора. Таким образом, вы можете создать подкаталог с новым configure.ac и Makefile.am с другими параметрами.
Вам нужно только добавить эту строку в родительский файл configure.ac
AC_CONFIG_SUBDIRS([subdir_name])
И добавьте новый подкаталог в родительский Makefile.am
SUBDIRS= subdir_name
Надежда может помочь.