В Netbeans формат Java EE является частью настроек проекта. К сожалению, его нельзя изменить в настройках проекта после его создания.
Создайте новый проект с версией Java EE 5 и скопируйте исходный код.
Чтобы выбрать Java EE 5, вам понадобится установленный сервер с поддержкой Java EE 5, например. Tomcat v6 или GlassFish v2. Вы можете установить серверы, используя меню инструментов NetBeans-> Серверы.