Пожалуйста, посмотрите следующую трассировку стека, это проблема с разрешениями?
C:\Project\MySQL-python-1.2.3>python setup.py
Traceback (most recent call last):
File "setup.py", line 15, in <module>
metadata, options = get_config()
File "C:\Project\MySQL-python-1.2.3\setup_windows.py", line 7, in get_config
serverKey = _winreg.OpenKey(_winreg.HKEY_LOCAL_MACHINE, options['registry_key'])
WindowsError: [Error 2] The system cannot find the file specified
C:\Project\MySQL-python-1.2.3>
Версия Python (ActiveState) 2.7.1