Установщик Windows не поддерживает несколько экземпляров с одним и тем же кодом продукта и кодом обновления. Версия продукта может остаться прежней. Другой экземпляр фактически считается другим продуктом.
Несколько экземпляров не поддерживаются файлами проекта установки Visual Studio, и их нелегко реализовать. Общий подход таков:
Создайте MST-преобразование для каждого экземпляра. Каждое преобразование должно использовать свой код продукта и разные GUID компонентов.
Напишите собственный загрузчик EXE, который может применить эти преобразования к вашему исходному MSI.
При желании можно найти способ включить преобразования и MSI в один установочный файл EXE.
Другие инструменты разработки предлагают поддержку нескольких экземпляров, но количество экземпляров обычно ограничено. Все зависит от того, сколько преобразований вы создаете.