Если я правильно вас понимаю, вы хотите, чтобы таймер сохранялся на всех страницах, чтобы даже если вы перезагрузите страницу, таймер был приостановлен или продолжал считать, где он остановился?
Если это так, решением было бы отправить ajax-запрос на сервер, подождать, а затем отправить форму. Затем, когда вы загружаете новую страницу, вы используете PHP (он есть в ваших тегах), чтобы проверить сессию и отобразить правильное значение. Таким образом, вы можете сохранить расстояние до таймера и продолжить с того места, где пользователь остановился на последней странице.
Посмотрите на Сессии PHP и Ajax с JQuery .
Надеюсь, я правильно понял.